اهداف سازمان عبارتند از :
الف - تلاش در جهت تحقق بخشیدن به ارزشهای عالیه اسلامی در كلیه امور پزشكی.
ب - تلاش در جهت پیشبرد و اصلاح امور پزشكی.
ج - مشاركت در جهت ارتقاء سطح دانش پزشكی.
د - حفظ و حمایت از حقوق بیماران.
هـ - حفظ و حمایت از حقوق صنفی شاغلان حرف پزشكی.
و - تنظیم روابط شاغلین حرف پزشكی با دستگاههای ذی ربط در جهت حسن اجرای موازین و مقررات و قوانین مربوط به امور پزشكی.
فصل دوم - وظایف و اختیارات