فرهنگستان مؤسسه‌ای است با شخصیت حقوقی مستقل که به وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی وابسته است، اعتباراتی که برای فرهنگستان در بودجه سالانه کشور منظور می‌شود در ردیف خاص و به صورت کمک خواهد بود. (ماده 15 اساسنامه فرهنگستان علوم پزشکی جمهوری اسلامی ایران مصوب 10/5/1368 شورای‌عالی انقلاب فرهنگی)