فرهنگستان مؤسسه‌ای است با شخصیت حقوقی مستقل که به نهاد ریاست جمهوری وابسته است و اعتباراتی که برای فرهنگستان در بودجه سالانه کشور منظور می‌شود در ردیف اعتبارات نهاد ریاست جمهوری منظور خواهد شد. (ماده 15 اصلاح اساسنامه فرهنگستان علوم پزشکی جمهوری اسلامی ایران مصوب 24/8/1373 شورای‌عالی انقلاب فرهنگی)