عدم صلاحیت ذاتی عبارت است از عدم صلاحیت محکمه صلحیه محدود نسبت به امور راجعه به ابتدایی یا عدم صلاحیت محکمه حقوق نسبت به امور تجارتی و جزایی و یا محکمه جزایی و تجارتی نسبت به حقوق و یا محکمه ابتدایی نسبت به استیناف و برعکس و یا محکمه عدلیه نسبت به امور راجعه به محاکم اداری. (بند 25 تبصره 364 قانون موقت راجع به تصرفات در قانون اصول محاکمات حقوقی مصوب 31/3/1302)