این سازمان در وزارت گمرکات و تحت نظرآن وزارت( فعلا تحت نظر انحصارات وزارت دارائی ) انجام وظیفه میکند و وظایف آن عبارت است از اداره نمودن امور بندری بنادر کشور- تکمیل وتوسعه ساختمان ونگهداری وتعمیر مؤسسات بندری وتأمین وسایل مخابراتی و امور انتظامی وتنظیم و اجرای مقررات بندری وکشتیرانی ساحلی و مراقبت در توسعه کشتیرانی بازرگانی وثبت شناورهای تابع کشور وتعبین شرایط تابعیت ایرانی برای کشتیها و سلب آن و وصول حقوق وعوارض بندری( ماده واحده قانون راجع بتاسیس سازمان بنادر وکشتیرانی مصوب22- 2-1339)