دانشگاه مؤسسه‌ای است غیردولتی و غیرانتفاعی و عام‌المنفعه و بودجه آن از محل موقوفات مدرسه میرزا جعفر و خیرات خان، وجوهات شرعیه، درآمد خصوصی (غیردولتی) استان قدس رضوی و کمک‌های مردمی تأمین می‌شود. (ماده 4 اساسنامه دانشگاه علوم اسلامی رضوی مصوب 5/10/1374 شورای عالی انقلاب فرهنگی)