ماده48ـ احكام دادگاههای ویژه روحانیت از سوی محكوم علیه یا شاكی یا قائم مقام قانونی آنان قابل اعتراض است و در صورت عدم اعتراض در فرجه قانونی قطعی خواهد شد.
تبصرة1ـ چنانچه دادستان كل ویژه روحانیت احكام قطعی یا غیر قطعی دادگاه ویژه روحانیت را خلاف شرع یا خلاف قانون بداند نسبت به رأی صادره اعتراض نموده و عنداللزوم حكم را متوقف می‌كند و پرونده را جهت رسیدگی به دادگاه تجدید نظر ارسال می‌نماید.
تبصرة2ـ چنانچه دادستان مجری حكم رأی صادره را خلاف موازین تشخیص دهد بدواً اعتراض خود را به قاضی صادر كننده تذكر می‌دهد. در صورت عدم قبول قاضی، پرونده را همراه با نظریه مستدل نزد دادستان منصوب ارسال می‌نماید و دادستان منصوب برابر تبصره یك اقدام خواهد كرد.
تبصرة3ـ چنانچه متعاقب اعتراض محكوم علیه یا شاكی یا تذكر دادستان كل ویژه روحانیت یا دادستان مجری حكم، قاضی دادگاه ویژه روحانیت متوجه اشتباه خود در حكم صادره شود، در صورتی كه موضوع از مصادیق بند ب ماده49 باشد رأی اصلاحی صادر می‌نماید و در غیر اینصورت پس از نقض حكم، پرونده را جهت رسیدگی توسط شعبه دیگر به دفتر دادگاههای ویژه روحانیت اعاده می‌نماید.