ماده 3 - هیأت وزیران در اجرای این قانون، مسؤولیتهای زیر را نیز بر عهده دارد:
الف - تعیین و یا تغییر سازمان مسؤول منطقه اعم از دولتی و غیر دولتی.
ب - نظارت بر فعالیتهای مناطق در چارچوب برنامه‌ها و اهداف آنها.
تبصره 1 - هیأت وزیران میتواند در صورت نیاز، سازمانی دولتی را به منظور اداره منطقه ویژه ایجاد نماید. اساسنامه این سازمانها بنا به پیشنهاد دبیر خانه به تصویب هیأت وزیران میرسد.
تبصره 2 - تعیین سازمان مسؤول منطقه از بین اشخاص حقوقی غیر دولتی منوط به تملک (یا واگذاری رسمی دستگاههای دولتی ذی‌ربط) و تصرف اراضی واقع در محدوده منطقه ویژه مورد نظر توسط اشخاص حقوقی غیر دولتی، قبل از صدور مجوز هیأت وزیران میباشد. ضابطه تغییر سازمان مسؤول منطقه در چنین صورتی تابع قراردادی میباشد که با رعایت این قانون فی‌مابین دبیر خانه و سازمان منعقد میشود.