ماده۱۲ـ سازمان مکلف است که تمامی مراکز و واحدهای صنعتی، تولیدی، عملیات معدنی، خدماتی، عمومی و کارگاهی را که آلودگی آنها بیش از حدمجاز مصوب است، مشخص نموده و مراتب را با تعیین نوع، میزان‌آلودگی، وسعت منطقه تحت تأثیر و حساسیت منطقه به مالکان یا مسؤولان یا مدیران عامل و یا بالاترین مقام تصمیم‌گیر واحد ابلاغ کند تا در مهلت معینی که توسط سازمان تعیین می‌شود نسبت به رفع آلودگی یا تغییر تولید یا تغییر فرآیند تولید یا تعطیلی کار و فعالیت خود (براساس نوع آلودگی و ماهیت فرآیند کنترلی) اقدام نمایند. درطی مدت تعیین تکلیف این واحدها، طبق مفاد این قانون، به واحدهای مذکور، جریمه ایجاد و انتشار آلودگی تعلق می‌گیرد.
تبصره۱ـ تصمیم‌گیری در خصوص تعطیلی کامل کار و فعالیت کارخانجات، معادن بزرگ و واحدهای آلاینده بزرگ که تأثیرات ملی و منطقه‌ای دارند برعهده ستادی متشکل از وزیر صنعت، معدن و تجارت، رئیس سازمان، استاندار و بالاترین مقام دستگاه ذی‌ربط است.
تبصره۲ـ در صورت عدم اجرای مفاد این ماده، در پایان مهلت مقرر، سازمان از ادامه فعالیت آنها جلوگیری نموده و متخلف را جهت پیگرد قضائی، طبق مفاد این قانون به مرجع صالح قضائی معرفی می‌کند. واحد تولیدی علاوه بر جبران خسارات وارده به پرداخت جریمه نقدی معادل سه تا پنج برابر خسارات وارده به محیط‌زیست محکوم می‌شود.
مجازات مقرر در این تبصره درخصوص مالکان، مسؤولان و مدیران کارخانجات، واحدها و کارگاههای تولیدی، صنایع نفتی و گازی، نیروگاهها و سایر واحدهای تولیدی، خدماتی و معدنی آلوده‌کننده نیز که پس از تعطیلی، رأساً و بدون کسب اجازه از سازمان مبادرت به بازگشایی و ادامه فعالیت آنها نمایند، اعمال می‌شود.
تبصره۳ـ حدود مجاز انتشار آلاینده‌های هوا توسط سازمان پیشنهاد می‌شود و به‌تصویب هیأت وزیران می‌رسد.