ماده 3- وظایف شورا عبارت است از:
الف - بهبود کاربرد موازین شرعی در چهارچوب قانون و بررسی طرحهای ذیربط
ب - نظارت بر حسن اجرای قانون و این آئنی نامه و دستورالعمل هایی که در این رابطه توسط شورا تدوین می شود
پ - تدوین دستورالعمل های مربوط به چگونگی و حدودانطباق امور آموزشی آموزش دهندگان و آموزش گیرندگان با قانون به پیشنهاد معاون مربوط در وزارت بهداشت ، درمان و آموزش پزشکی
ت - نظارت بر عملکرد کارگروه های (کمیته های ) انطباق دانشگاهها و ارزشیابی کلیه فعالیتهای آنها، ارجاع نتیجه ارزشیابی به مراجع ذیصلاح و بررسی شکایتهای وصال شده در خصوص عملکرد کار گروه ها (کمیته ها)
ث - تدوین و تصویب دستورالعمل های چگونگی نظارت بر اجرای قانون و این آئین نامه و سایر دستورالعملهای اجرای مورد نیاز
ج - تعیین ومعرفی نماینده برای شوراها و کمیسیون هایی که باید با رعایت قانون و این آیین نامه به فعالیت نمایند در صورت درخواست مراجع ذیربط
چ - رسیدگی به کلیه اموری که به منظور اجرای قانون ورعایت موازین شرعی مستلزم نظارت شوراست
ح - تدوین آئین نامه های داخلی شورا
خ - انجام امور فرهنگی مرتبط با اجرای این آئین نامه ازطریق دستگاه های فرهنگی و سایر مراجع ذیربط
تبصره - دبیرخانه شورا در حوزه معاونت ذیربط در وزارت بهداشت ، درمان و آموزش پزشکی تشکیل و امور مربوط به شوارازاین طریق انجام می شود