ماده 5 - ارکان تابعه سازمان به شرح زیر می‌باشد:
الف - مجمع عمومی نظام پزشکی جمهوری اسلامی ایران که در این قانون «مجمع» نامیده می‌شود.
ب - شورای عالی نظام پزشکی جمهوری اسلامی ایران که در این قانون «شورای‌عالی» خوانده می‌شود و دبیرخانه آن در سازمان نظام پزشکی جمهوری اسلامی ایران که در تهران است مستقر می‌باشد.
ج - رئیس کل.
د - هیأت مدیره نظام پزشکی شهرستانها و شورای هماهنگی استانی.
تبصره - وظایف و اختیارات و ساختار تشکیلاتی شورای هماهنگی استانی به پیشنهاد رئیس کل به تصویب شورای عالی خواهد رسید.
هـ - هیأت‌های انتظامی رسیدگی به تخلفات صنفی و حرفه‌ای شاغلین گروه پزشکی و حرف وابسته.
و - بازرسان.
ز - صندوق رفاه و تعاون.