ماده 2 - اهداف سازمان عبارتند از :
الف - تلاش در جهت تحقق بخشیدن به ارزشهای عالیه اسلامی در کلیه امور پزشکی.
ب - تلاش در جهت پیشبرد و اصلاح امور پزشکی.
ج - مشارکت در جهت ارتقاء سطح دانش پزشکی.
د - حفظ و حمایت از حقوق بیماران.
هـ - حفظ و حمایت از حقوق صنفی شاغلان حرف پزشکی.
و - تنظیم روابط شاغلین حرف پزشکی با دستگاههای ذی‌ربط در جهت حسن اجرای موازین و مقررات و قوانین مربوط به امور پزشکی.