ماده 12 - مأموریت نیروی دریایی ارتش جمهوری اسلامی ایران به شرح زیر می‌باشد:
الف - پاسداری از آبهای سرزمینی، فلات قاره و مناطق انحصاری، اقتصادی و جزایر کشور در برابر هر گونه تجاوز نظامی خارجی.
ب - حضور مستمر، کنترل و تأمین امنیت خطوط مواصلات دریایی خودی و جلوگیری از استفاده غیر مجاز بیگانگان از مناطق دریایی مذکور در‌بند فوق.
ج - دفع و سرکوبی هر گونه تجاوز نظامی به حاکمیت، حقوق و منافع کشور در مناطق مذکور در بند الف و انهدام تأسیسات دریایی دشمن بنا به‌دستور.
د - کنترل تردد کشتیها در خلیج فارس و دریای عمان و بازرسی کشتیهای مشکوک در مواقع لزوم بنا به دستور.
ه - سازماندهی، تجهیز و آموزش یگانهای دریایی جهت اجرای مأموریتهای محوله.
و - تهیه طرح نیازمندیهای لجستیکی و اقدام در جهت تهیه و خرید اقلام و خدماتی که به عهده نیروی دریایی بوده و اقلام مشترک داخلی که به آن‌واگذار می‌گردد.
ز - انجام پژوهش و تحقیقات لازم در کلیه زمینه‌ها جهت نیل به خودکفایی.
ح - تأمین دفاع هوایی کلیه یگانها، تأسیسات و نقاط حساس مربوط، جزایر و تأسیسات دریایی در حد برد سلاح ضد هوایی سازمانی خود با‌هماهنگی و کنترل کلی عملیاتی نیروی هوایی.
ط - تأمین و حفاظت تأسیسات و پادگانهای مربوط.
ی - تأمین نیازهای پزشکی پرسنل نیروی دریایی و اداره بیمارستانها و درمانگاههای مربوط.